Prima mărturie a existenţei unei biserici pe locul actualei mănăstiri o găsim pe o piatră funerară cu o inscripţie în limba greacă ce datează din 1515. A fost scoasă la iveală odată cu săpăturile arheologice din 1943 ceea ce ne duce cu gândul că pe acest loc a fost o biserică de lemn cu cimitir.
Mai târziu (probabil în jurul anului 1550) marele logofăt al Moldovei Ioan Golăi împreună cu soţia sa Ana a ctitorit o „bisericuce de piatră” pe locul celei iniţiale de lemn.
La 1564 Maxim Burnar şi soţia sa Antimia (socrii lui Ioan Golăi) dăruiau bisericii o cruce din lemn de abanos ferecată cu argint aurit păstrată astăzi la Muzeul de Artă Bucureşti, ceea ce reprezintă prima atestare sigură a bisericii Golia. Biserica a fost înzestrată de la bun început de ctitorul ei cu odoare şi cărţi preţioase. La 1575 Ioan Golăi împreună cu soţia sa dăruiau ctitoriei lor un superb Tetraevanghel în limba slavonă, ferecat cu argint aurit, astăzi fiind socotit unul dintre cele mai frumoase manuscrise medievale româneşti. Nu se știu prea multe date despre ctitorul inițial, dar se cunoaște modul cum și-a întrerupt dregătoria și viața în mod tragic. Bănuit de trădare, de către domnitorul Iancu Sasul (1579-1582), acesta i-a confiscat toată averea și apoi l-a decapitat. Întâmplarea este consemnată chiar pe Tetraevanghelul donat de Golăi bisericii.
După moartea tragică a soțului său, Ana Golăiasa a continuat să sprijine material ctitoria de familie.
În ultima parte a domniei lui Ieremia Movilă biserica a fost restaurată. Probabil a contribuit și el cu o sumă de bani, din moment ce este reprezentat în tabloul votiv din pronaos. Tot în timpul lui Ieremia Movilă biserica a fost închinată de Ana Golăiasa Mănăstirii Vatoped din Sfântul Munte Athos. Închinarea a fost precedată de danii substanțiale făcute Vatopedului, printre care se numărau: sate, livezi, locuri de prisacă, vii, case și robi țigani.
„Noul Vatoped” de la Iași
La scurtă vreme după închinarea la Athos, Golia a început să fie numită şi „Vatoped”, fiind filiala moldavă a aşezământului de la Sfântul Munte. Paleologii şi Cantacuzinii care au făcut donaţii Mănăstirii Golia din Iaşi - unii dintre ei alegând chiar să fie înmormântaţi aici - continuau, de fapt, străvechea legătură a familiilor lor cu Vatopedul, legitimându-se ca descendenţi ai vechilor ctitori. Daniile făcute Goliei, erau, implicit, danii către Vatoped. A odihni pe veci în incinta Goliei, era aproape echivalent, în plan simbolic, cu o înhumare la Vatoped, în pământul Greciei. Nu întâmplător vornicul Toma Cantacuzino (✝ 1662), soţia sa Ana (✝ 1663) şi fiica lor Ecaterina îşi au pietrele de mormânt în biserica Mănăstirii Golia.
Astfel, se poate vedea că, decizând să reconstruiască biserica Goliei, domnitorul Moldovei Vasile Lupu se asociază cu descendenţii Paleologilor şi Cantacuzinilor, valorificând un important capital simbolic, legat de vechea „idee imperială”. Domnitorul devenea, implicit, ctitor al Mănăstirii Vatoped de la Athos, punându-se pe sine în şirul ctitorilor din cele două familii imperiale bizantine. Protectoratul domnului din Moldova asupra Muntelui Athos continua şi imita pe cel al împăraţilor bizantini. Acesta e și motivul pentru care biserica mănăstirii Golia a fost refăcută la dimensiuni impresionante de domnitorul Vasile Lupu între 1650-1653 şi terminată de pictat la 1660 de fiul său Ştefăniţă Lupu.
Până la construirea actualei catedrale mitropolitane din Iaşi (1834) a fost cea mai mare biserică din Moldova cu o suprafaţă în interior de 507 m².
Se mai păstrează astăzi în biserică două sfeşnice mari şi singurul candelabru original de la Vasile Lupu, comandat de voievod în Danemarca. Candelabrul din metal galben are forma unei coroane imperiale bizantine, deasupra având o acvilă bicefală (simbolul împăraţilor din Bizanţ) şi monograma domnitorului, încadrată de stema Moldovei, capul de bour. Explicaţia pentru aceste simboluri este legată de visul măreţului domnitor moldovean de a ajunge împărat al tuturor creştinilor ortodocşi din Imperiul Otoman. În pronaosul bisericii Goliei se găsesc mai multe morminte medievale ale diferiţilor ctitori care au făcut danii importante de-a lungul timpului.
Vasile Lupu nu a apucat să își vadă ctitoria terminată deoarece în 1653 a fost înlăturat de la domnie de fostul lui logofăt, Gheorghe Ștefan (1653-1658). Reiese acest lucru și din pisania scrisă în slavonă pusă de Ștefăniță Lupu deasupra intrării dinspre pridvor în pronaos.
Nunți domnești și incendii
În anul 1686, oştile polone, aflate în Moldova, au incendiat, printre altele, şi Mănăstirea Golia; a fost un abuz săvârşit de un grup de oşteni, aceştia fiind apoi pedepsiţi de regele Ian Sobieski, care a poruncit spânzurarea lor.
La Golia au fost oficiate două faimoase nunţi domneşti, la sfârşitul secolului al XVII-lea: nunta lui Constantin Duca vodă, domnul Moldovei cu Maria, fiica lui Constantin Brâncoveanu, domnul Ţării Româneşti (1693); nunta domnitorului Antioh Cantemir cu Catrina, fiica logofătului lui Dumitraşco Ceaurul (1696). Ambele cununii au fost oficiate de Iacov, fost patriarh de Constantinopol, retras, spre sfârşitul carierei sale, la mănăstirea Golia din Iaşi; acesta a şi decedat la Iaşi, în 1698, fiind înmormântat, după cum se crede, în interiorul bisericii Golia (mormântul său nu a fost încă identificat).
În domnia lui Constantin Mavrocordat, la 1735, Golia a ars a doua oară. Cronica atribuită lui Enache Kogălniceanu arat că focul a izbucnit din armenime şi că „au ars şi mănăstirea Golia şi toate casele câte au fost în ograda mănăstirii”.
La 10 august 1822 un alt mare incendiu s-a produs în capitala Moldovei, abătându-se şi asupra Goliei. Biserica a rămas atunci, din fericire, neatinsă, dar a ars turnul porţii, casele şi depozitele negustoreşti din incinta mănăstirii.
Până la 1863 a fost una dintre cele mai bogate mănăstiri din Moldova având în proprietatea sa peste 500 de sate. La acelaşi an Goliei îi este confiscată toată averea iar mănăstirea cade în ruină. Între 1900-1947 a fost închisă şi mai apoi transformată în biserică de parohie revenind la statutul de mănăstire în 1992.
Renașterea
În 2010 s-a încheiat primul proiect de restaurare al Ansamblului Monument Istoric Mănăstirea Golia, premiat în 2012 la Lisabona cu premiul Europa Nostra la categoria conservare. La sfârșitul anului 2015 s-a încheiat și cel de-al doilea proiect de restaurare a picturii din interiorul bisericii.
